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野生树鼩与人工饲养树鼩消化道不同部位微生物组成的比较研究

2020年05月18日 浏览量: 评论(0) 来源:中国比较医学杂志2020年第4期 作者:李艳艳 杨凤梅 王俊斌 陈丽雄 段素琴 杨亚平 刘雨 和占龙 马进 赵远 责任编辑:admin
摘要:以树鼩为研究模型,探讨野生树鼩与人工繁育树鼩不同肠段的菌群组成。

目的    以树鼩为研究模型,探讨野生树鼩与人工繁育树鼩不同肠段的菌群组成。


方法    分别收集 3 只健康野生及人工繁育树鼩七个胃肠段样本,提取细菌总 DNA,采用高通量测序技术对 16S rRNA基因的 V3-V4 高变区测序,分析比较菌群结构及多样性。


结果    不同肠段 Alpha指数多样性分析显示野生组与人工繁育组树鼩在盲肠和胃 Shannon 指数存在显著差异(P<0.05)。野生组与人工繁育组各肠段微生物组成存在较大差异,门水平上,野生组直肠、结肠、盲肠及胃四个部位中Firmicutes 菌门的平均占比显著高于人工繁育组(P<0.05),人工繁育 组直肠、结肠、盲肠及回肠内 Spirochaetes 菌门的平均占比显著高于野生组(P<0.05),野生组直肠Bacteroidetes 菌门的平均占比显著高于人工繁育组(P<0.05),属水平上,野生组明显高于人工繁育组的主要菌属为:回肠、空肠 和胃内的 Weissella菌属,直肠内的 Bacteroides 菌属以及回肠段内的Lactococcus 菌属,人工繁育组明显高于野生组的主要菌属为:直肠、结肠、盲肠及回肠内的 Brachyspira属,盲肠和胃内的 Prevotella_9 菌属,盲肠和空肠内的 Streptococcus属以及回肠中的 Lactobacillus 菌属。不同肠段菌群功能基因预测显示两组共有 5个解剖部位17 个基因类别之间的差异有统计学意义(P<0.05)。


结论    野生树鼩与人工繁育树鼩各肠段菌群组成差异较大,各肠段细菌功能差异较大,且与其生理功能、饮食结构有一定关联,在肠道菌群研究中,应充分考虑粪便样品微生物的组 成是否能够完全代表肠道微生物的组成。


阅读原文:野生树鼩与人工饲养树鼩消化道不同部位微生物组成的比较研究.pdf

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