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Nature:推出小鼠细胞的开源数据库---Tabula Muris

2018年10月09日 浏览量: 评论(0) 来源:生物谷 作者:生物谷 责任编辑:admin
摘要:来自美国斯坦福大学、陈-扎克伯格生物中心(Chan Zuckerberg Biohub),弗吉尼亚州帕洛阿尔托医疗保健系统和加州大学的一个庞大的研究团队组建了一个名为Tabula Muris的小鼠细胞信息的开源数据库(网址:https://tabula-muris.ds.czbiohub.org/)。在他们发表在Nature期刊上的标题为“Single-cell transcriptomics of 20 mouse organs creates a Tabula Muris”的论文中,该团队描述了如何获得这种数据库中的信息以及如何使用它
来自美国斯坦福大学、陈-扎克伯格生物中心(Chan Zuckerberg Biohub),弗吉尼亚州帕洛阿尔托医疗保健系统和加州大学的一个庞大的研究团队组建了一个名为Tabula Muris的小鼠细胞信息的开源数据库(网址:https://tabula-muris.ds.czbiohub.org/)。在他们发表在Nature期刊上的标题为“Single-cell transcriptomics of 20 mouse organs creates a Tabula Muris”的论文中,该团队描述了如何获得这种数据库中的信息以及如何使用它。
图片来自Nature, doi:10.1038/s41586-018-0590-4。
 
随着生物学研究不断取得进展,科学家们发现在研究特定生物的生物学特征时,从动物的角度看问题是很有用的。在这项新的计划中,该团队通过逐个细胞地建立一个有关它们的信息数据库,力求让人们更加全面地了解小鼠的生物学特征。为此,他们使用两种方法从20种小鼠器官中分离出10万多个细胞。第一种方法称为荧光激活细胞分选(FACS),用于分离44949个细胞,而第二种称为微流体液滴技术的方法用于分离另外的55656个细胞。这些细胞是从几只三个月大的小鼠中分离出来的,这就为科学家们研究健康小鼠的细胞生物学特性提供了路线图。
 
从动物身体的所有部位分离出细胞并将它们的细节放入数据库中,这样科学家们就以新的方式研究动物的生物学特性。比如,对阿尔茨海默病小鼠模型这样做就揭示出整个小鼠的变化,而不仅仅是它的大脑或血液中发生的变化。它有可能更多地让人们了解这种疾病以及它如何以全身的方式影响小鼠,以及加以扩展的话,它如何影响人类。这也可能导致人们更好地了解它的病因,并且可能导致人们开发出阻止或治愈它的方法。这种数据库可用于研究多种疾病,包括糖尿病,心脏病甚至癌症。
 
这个研究团队指出他们的数据库可能作为全球生物医学研究人员的新工具。这项研究工作由陈-扎克伯格生物中心赞助,该生物中心是一个由脸书(Facebook)创始人马克-扎克伯格(Mark Zuckerberg)共同创立的非营利组织。陈-扎克伯格生物中心也是人类细胞图谱(Human Cell Atlas)的创建者。人类细胞图谱旨绘制“生命的基本单位(编者注:指的是细胞)”。
 
参考资料:The Tabula Muris Consortium, Overall coordination, Logistical coordination et al. Single-cell transcriptomics of 20 mouse organs creates a Tabula Muris. Nature, Published Online: 03 October 2018, doi:10.1038/s41586-018-0590-4.
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