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RNA⁃Seq技术筛选APP/PS1阿尔茨海默病模型小鼠差异表达基因及功能分析

2018年11月09日 浏览量: 评论(0) 来源:中国比较医学杂志2018年第10期 作者:史长华 张玲 陈巍 付信靖 秦川 责任编辑:admin
摘要:分析阿尔茨海默病(AD)模型小鼠前额叶皮层的差异表达基因,从转录组水平揭示AD的发病机制。

目的:分析阿尔茨海默病(AD)模型小鼠前额叶皮层的差异表达基因,从转录组水平揭示AD的发病机制。

方法:本研究随机选取9月龄雌性APP swe/PS1ΔE9(PAP)的模型小鼠和野生型C57BL/6J小鼠各5只,提取前额叶皮层组织RNA,用Illumina HiSeq 3000测序。采用edgeR软件进行表达差异显著性分析。分析AD组和对照组基因表达变化,并采用qRT⁃PCR对其中6个关键差异表达基因进行验证。然后对差异表达基因进行聚类分析、GO功能富集分析、KEGG通路富集分析。

结果:在AD组与对照组之间发现224个差异表达基因(P<0.05,|logFC|>1.0),其中205个基因上调,19个基因下调。6个关键基因qRT⁃PCR验证结果与RNA⁃Seq趋势一致。GO功能富集分析结果表明,这些差异表达基因与免疫反应、炎症反应、趋化因子活动以及IgG结合等有关;KEGG通路富集分析结果表明,这些基因参与吞噬、溶酶体、Toll样受体信号通路、细胞因子受体相互作用、NF⁃κB信号通路等重要生物学通路。

结论:得到AD相关差异表达基因,为利用模型小鼠进行AD相关机制和治疗研究提供了实验依据。

全文阅读:RNA⁃Seq技术筛选APP/PS1阿尔茨海默病模型小鼠差异表达基因及功能分析

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