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广西巴马小型猪CTSK基因CDS区克隆与生物信息学分析

2019年03月15日 浏览量: 评论(0) 来源:中国实验动物学报2019年第1期 作者:黄叶 瞿秋红 奉玲丽 江雨航 朱思燃 张广杰 张其伟 綦文晶 郭亚芬 兰干球 责任编辑:admin
摘要:对广西巴马小型猪组织蛋白酶K(cathepsin K,CTSK)基因CDS区进行克隆及生物信息学分 析。

目的:对广西巴马小型猪组织蛋白酶K(cathepsin K,CTSK)基因CDS区进行克隆及生物信息学分 析。

方法:从广西巴马小猪的皮下脂肪中提取总RNA,通过RT-PCR方法扩增获得 CTSK 基因CDS区序列,并采 用相关生物信息学软件对其序列特征、系统进化、编码蛋白结构和理化性质进行分析。

结果:广西巴马小型猪 CTSK 基因CDS全长993bp,编码330个氨基酸,与NCBI上公布的普通猪(NM_214302.1)CTSK 基因序列完全一 致。 同源性比对结果发现,CTSK 基因在进化过程中具有较高的保守性。 广西巴马小型猪CTSK蛋白具有明显的亲 水性区域,在第17-330氨基酸位置区域存在一条信号肽序列,不存在跨膜结构域,二级结构元件由α螺旋、β折 叠、无规卷曲和延伸链组成。 修饰结构预测发现CTSK蛋白存在两处N糖基化位点,亚细胞定位发现其可能主要 分布于内质网和细胞核。

结论:本研究成功克隆了广西巴马小型猪 CTSK 基因CDS序列并进行分析,为今后进一 步深入研究该基因功能和建立相关疾病动物模型提供理论基础。 

全文阅读:广西巴马小型猪 CTSK 基因CDS区克隆与生物 信息学分析 

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