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虹鳟肝组织新转录本分析及基因结构优化

2019年05月13日 浏览量: 评论(0) 来源:中国实验动物学报2019年第2期 作者:马芳 刘哲 康玉军 权金强 责任编辑:admin
摘要:虹鳟热应激下肝RNA-seq数据中新转录本的分析及已注释基因结构优化。

目的:虹鳟热应激下肝RNA-seq数据中新转录本的分析及已注释基因结构优化。

方法:以虹鳟肝 为材料提取总RNA,构建cDNA文库,并利用Illumina双端测序Hiseq2500平台进行测序。 运用Cufflinks软件对测 序数据进行组装,将其与虹鳟参考基因组进行序列比对。

 结果:发掘新转录本6555个,其中30个新转录本在热 应激前后差异表达(P<0.05)。 与GO数据库比对对新转录本进行功能注释,获得3097个新转录本的注释。 与 KEGG数据库比对,共有3617个新转录本注释到284条代谢通路中。 对19424个已注释基因的结构进行优化,延 伸了14719个基因的5′端和14796个基因的3′端。

结论:通过对发掘的6555个新转录本分析,并对19424个已 注释基因结构优化,为虹鳟基因组注释信息的完善提供了有力的借鉴,并为进一步了解虹鳟热应激的机制提供更 有力的理论基础。

全文阅读:虹鳟肝组织新转录本分析及基因结构优化 

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