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基于高通量测序技术测定普通棉耳狨猴粪便微生物多样性

2019年07月08日 浏览量: 评论(0) 来源:中国实验动物学报2019年第3期 作者:张飞燕 金洁 刘超 王芸 谢丽分 张晓迪 邬继文 吕龙宝 责任编辑:admin
摘要:应用高通量测序技术分析普通棉耳狨猴粪便菌群的结构与组成,为进一步开发利用新型实 验动物奠定基础。

目的:应用高通量测序技术分析普通棉耳狨猴粪便菌群的结构与组成,为进一步开发利用新型实 验动物奠定基础。

方法:采集4只成年雄性普通棉耳狨猴粪便,用细菌16SrRNA通用引物扩增V3~V4 区,采用 IlluminaMiSeq测序平台对普通棉耳狨猴粪便微生物进行研究。

结果:共测序获得315511条有效序列与596个 OTU。 普通棉耳狨猴粪便中的细菌共鉴定出9个门、14个纲、26个目、50个科、82个属和64个种和226个OTU。 其中,1)优势门是拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes),平均含量分别为54.52% 和25.39%2)丰度最 高的纲为 拟 杆 菌 纲(Bacteroidia) 和 厌 氧 菌 纲(Negativicutes),平 均 含 量 为 54.5%和 17%。 3) 乳 杆 菌 目 (Lactobacillales)和拟杆菌目(Bacteroidales)的丰度最高,为50.01%和20.52%。 4)普雷沃菌科(Prevotellaceae)和双 歧杆菌科(Bifidobacteriaceae)所占丰度最高,平均含量分别为43.14%和11.33%。 5)双歧杆菌属(Bifidobacterium) 和拟杆菌属(Bacteroides)的丰度较高,平均含量分别为11.33%11.12%。 6)有益菌群双歧杆菌属丰度较高,但在所 检测样本中都含有。 7)丰度最高的前10个种,归类为7个科、5个纲。 这10个种占到33.16%,其他53种总和仅 占到0.74%,其他未鉴定出菌种,且相对丰度还较高,需要进一步研究。 8)PICRUSt功能预测分析:氨基酸转运等 代谢功能和蛋白质翻译、折叠遗传信息处理功能丰度较高。

结论:应用高通量测序技术,较全面的检测了普通棉 耳狨猴粪便菌群,普通棉耳狨猴粪便细菌组成具有丰富的多样性,其中还有许多未被分类鉴定且相对丰度较高的 细菌,需要进一步研究。

全文阅读:基于高通量测序技术测定普通棉耳狨猴 粪便微生物多样性

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